总体来说，相对于前列腺癌根治术，前列腺放射性粒子植入术的并发症较少，其发生术后尿失禁、排尿困难、性功能障碍的可能性较小，但是其也有自身放疗产生的特殊并发症，分为短期并发症和长期并发症。
短期并发症（1年以内出现）主要因为放疗损伤周围组织直接造成，包括：尿频、尿急及尿痛等尿路刺激症状，排尿困难和夜尿增多，大便次数增多及里急后重等直肠刺激症状、直肠炎等。继发性近距离放疗的轻微直肠症状通常是自限的。术后少量出血的发生率为1％-4％，严重直肠并发症（需要直肠造瘘）比例约为0％-1％，直肠并发症的发生率与直肠放射剂量以及接受高剂量的直肠长度有关。另有少见的并发症为勃起功能障碍，神经血管束的放疗剂量与近距离放疗后的勃起功能障碍有关。有研究称近距离放疗后有79％的患者可保留性功能，在近距离放疗6年后有50％保持完全的性功能。对于术后存在勃起功能障碍的患者可服用枸橼酸西地那非治疗。
长期并发症（1年以后出现）主要包括：慢性尿潴留、尿道狭窄、尿失禁等，总体发病率较低。
