肠套叠是婴幼儿时期的一种特有疾病，目前婴幼儿肠套叠病因尚未完全明确，大多数属于原发性约占90%以上，继发性约占2%～5%。多与以下因素有关。
第一、由于婴幼儿期是肠蠕动节律处于变化较大的时期，容易发生肠蠕动紊乱，如添加辅食或食物的性质、环境、气温的改变以及肠道感染等因素均可诱发肠蠕动紊乱而引起肠套叠。
第二、也与肠管局部解剖因素有关，婴幼儿回盲部较游动，回盲瓣儿呈唇样凸入盲肠，回肠部蠕动发生异常时，即可牵拉肠壁形成套叠。
第三、还可由于病毒感染引起，如小儿腺病毒或轮状病毒感染后，肠道蠕动增强引起回肠末端集合淋巴结增生，局部肠壁增厚，甚至形成肿物向肠腔凸起构成肠套叠。因此，对于出现腹泻呕吐的患儿应注意提高警惕。
第四、由于原发性肠套叠多发生于一岁以内婴儿，此年龄阶段属于机体免疫功能尚不完善，肠壁的免疫功能极易被破坏引起肠蠕动紊乱而诱发肠套叠。
