附件囊肿无论左右，其形成原因大致分为生理学囊肿（功能性囊肿）、炎症性囊肿、子宫内膜异位囊肿（巧克力囊肿）和肿瘤性囊肿（病理性囊肿）
　　正常情况下，一侧卵巢的优势卵泡中含有成熟的卵子，在卵子排出后，卵泡就会消失。当卵巢上的滤泡无法释放卵子，其内充满液体膨胀，形成滤泡囊肿；当残留的卵泡没有溶解，并继续充满液体膨胀，形成黄体囊肿。临床上，功能性卵巢囊肿的高危因素、高危人群有：既往有卵巢囊肿病史、目前正在服用克罗米酚来促进排卵、使用低剂量孕激素类避孕药。
　　卵巢巧克力囊肿，医学上称为卵巢子宫内膜异位囊肿，是种植于卵巢的子宫内膜样组织随月经发生周期性增生、脱落，经血累积膨胀形成囊肿。因破裂后暗红色的陈旧经血流出，状如热巧克力，故而得名。应该注意的是，对于希望生育者，应尽早促使其妊娠，一旦妊娠，异位内膜病灶坏死萎缩，分娩后症状缓解并有望治愈。
　　炎症性囊肿最常见是输卵管积水，是由于输卵管炎症导致其两头粘连，中间的液体不能排除，形成腊肠样的肿物。而输卵管卵巢囊肿也往往是炎症粘连包裹炎性渗出形成。
　　病理性囊肿形成的原因不清，与遗传有一定的关系，但大多数都找不到原因。