如果女性附件上的囊肿小于五公分以下，通常不需要任何的处理治疗，而是随访复查彩超即可，如果囊肿大于五公分以上，常常需要考虑行腹腔镜手术切除。
　　女性附件上囊肿的性质不同，对人体的影响也会有很大差异，如果是在排卵期过后检查彩超，发现附件上有小的囊肿，而且这时又没有任何的不适表现，那常常考虑是生理性的黄体囊肿，所以这时不需要进行任何的处理治疗，而是在月经干净后复查彩超即可，一般这时候查彩超，囊肿都已经自然消失。如果是由于体内雌孕激素刺激而引起的普通囊肿，只要囊肿没有大于五公分以上，往往不会对身体有不良影响，所以也不需要进行手术。但如果卵巢囊肿大于五厘米以上，而且还引起进行性加重的痛经，甚至导致不孕，那常常考虑是由于卵巢巧克力囊肿引起，又称之为子宫内膜异位症，一般就需要行腹腔镜手术切除。
　　在手术切除囊肿后，为了避免再次复发，还应该考虑肌注GnRHa来继续治疗。