巧克力囊肿有一小部分患者可能会发生癌变。
　　巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种病变，其实就是正常宫腔内的子宫内膜出血积聚在卵巢，并形成囊肿，颜色类似巧克力色，主要病因是可能是经血倒流种植在卵巢表面和输卵管周围。巧克力囊肿多数主要表现为痛经，性交痛，继发性不孕，月经量多，经期延长等，有些可能会发生囊肿破裂等，但经临床报道少数此类患者会发生癌变。
　　临床上多数是因为性交痛或者痛经或者不孕症而就诊，如果巧克力囊肿大小在五厘米左右，可以考虑腹腔镜行囊肿剥除术，但术后容易复发，如果术后可以尽快怀孕对于该病是有一定治疗作用的，因为孕后就会停经，就减少了子宫内膜的脱落等，所以有些会通过口服避孕药或者中药等来治疗。
　　总之，巧克力囊肿一般是不会发生癌变的，极少数人可能会发生癌变，如果年龄比较大，没有生育要求，而痛经比较厉害，可以选择手术切除卵巢达到根治的目的。