支原体和衣原体均为区别于细菌和病毒的微生物，某些类型对人体有致病性，二者存在一些差异。
　　从生物学的角度来讲，支原体和衣原体的主要区别在于支原体没有细胞壁，而衣原体有细胞壁，因此青霉素等抑制细胞壁生成的药物，对于支原体感染无效，但可用于治疗衣原体感染，另外，支原体在形态上也比衣原体小一些。
　　二者的种类都比较多，可致病的支原体有五种，包括人型支原体和肺炎支原体等，感染后可导致人患上呼吸道感染及泌尿感染等疾病，而常说的衣原体为沙眼衣原体，感染后会使人得沙眼、鹦鹉热及泌尿感染等。
　　两者在生物学构造上有较大区别，是不相同的两种微生物，但感染后可诱发的疾病有许多相似处，人体可同时感染这两种微生物，也可单独感染其中的一种。在治疗时，用药方面有一定差异，支原体多服用四环素类或大环内酯类药物，衣原体感染多使用抗生素治疗。
　　支原体和衣原体的主要区别在于其生物学上的构造和可诱发的疾病，治疗的药物也有差异。