牙齿根部发黑通常有两种原因：一种是牙根部软组织原因，一种是牙根部硬组织原因。
牙根部软组织原因主要是软组织色素沉着斑，有少数正常人牙根部软组织表面可以见到有弥散的云雾状的黑色素的沉积，是口腔黏膜中黑色素产生过多或来自血红蛋白的各种色素异常等原因引起；这种色素沉着因人而异，没有病理意义，无需治疗。牙根硬组织原因又分为外在的着色和细菌感染引起：少量食物残渣沉积在牙齿凹陷处形成软垢，由于牙齿表面存在各种细菌，它们分泌黏性物质附着在软垢上中，并代谢糖分产生乳酸腐蚀牙釉质表面，久而久之会形成黄色或黑色的牙菌斑，牙结石，使牙齿根部发黑，喜欢喝茶叶，抽烟，喝咖啡的人们也会在牙齿的根部形成黑色素沉着，称为茶垢、烟渍等使牙齿根部发黑；另一种情况是老年患者由于牙龈萎缩，牙根部暴露，在牙根部表面继发细菌感染形成根面龋，造成的牙根发黑，是龋齿的一种。
任何原因下的牙根发黑都建议及时诊断对症治疗，避免引起并发症，造成严重后果。
