三岁孩子总眨眼睛能否自愈，需要根据产生原因判断，不能一概而论。

　　三岁孩子总眨眼睛，常出现的原因有结膜炎、角膜炎等眼部疾病，以及抽动症，也就是多动症，或者为眼睛疲劳、倒睫导致的。如果是结膜炎等眼部疾病引起，常伴有眼睛明显异物感、眼红、流泪、发痒等症状，不能自愈，需要用抗菌滴眼液等治疗。如果是倒睫引起的，睫毛向内生长，从而出现异物感、流泪等症状，也不能自愈，需要进行拔除、激光等治疗。如果是抽动症引起，常伴有挤眉弄眼、耸肩、伸舌等症状，不能自愈，要通过药物或心理治疗。如果是由于长时间玩手机等导致用眼疲劳引起，通常在改掉不良用眼习惯后就能自愈。

　　因此，要根据不同症状选择眼科或儿童保健门诊进行诊断与治疗。