如果扁桃体二度肿大发生在儿童时期，则属于扁桃体生理性肥大期，随着年龄的增长，有逐渐自行萎缩的可能。但如果患者是成年人，基本上不会萎缩。
扁桃体是免疫器官，当有细菌及病毒侵入时，其作为第一道防线，会发生炎症反应。如果扁桃体反复发炎就会导致扁桃体肿大。二度肿大是指扁桃体超过舌腭弓，但未超过咽腭弓。如果扁桃体二度肿大发生在儿童期，通过控制扁桃体反复发炎，则可使肿大的扁桃体逐渐萎缩，并自行恢复。但如果发生于成年人，由于肿大的扁桃体难以完全消肿，且存在扁桃体反复发炎的可能，故患者基本上不能自愈。
扁桃体二度肿大患者，如果没有咽部疼痛、咽部异物感、睡眠打鼾憋气、吞咽时阻塞感等症状，则可不予处理，注意观察即可。如果患者有以上症状，影响了呼吸、吞咽、发音功能，则需考虑手术切除扁桃体。
