通常情况下，第二次排畸一般在孕28-32周左右做最好。
第二次排畸检查主要是为了检查胎儿心脏、肺部和脑部发育的情况，也可以检查胎儿其他器官发育的情况。第二次排畸检查还可以了解胎位，胎盘的位置和成熟度，以及羊水情况等，一般在孕28-32周做。在孕24周左右的时候，会进行第一次排畸检查，但此时胎儿各个器官只是初始发育，对于脑积水、心脏畸形、肺部发育异常等还不能表现出来，所以在孕后期，仍然需要进行再一次排畸检查。
第二次排畸检查是在孕后期进行，此时胎儿体积比较大，在子宫内活动余地小，而且孕后期羊水量相对少一些，所以不可能查出来胎儿所有器官发育情况，不能代替第一次排畸检查。
