宝宝高烧40℃，3天不退烧，建议带宝宝去医院儿科就诊，进行血液化验及影像学检查，明确导致发烧的原因，并对因治疗，同时应辅助进行物理降温。

宝宝发烧时，切忌给宝宝穿过多的衣服、盖厚被，以免不利于散热。同时应注意让宝宝多喝水，避免脱水的同时也有助于散热。可采取温水擦浴的方式进行物理降温，降低宝宝体温。也可将冰袋外包裹毛巾放置在宝宝腋下、腹股沟等大血管流经处，降低体温，但应注意时间不宜过长，每20分钟更换一下部位。

另外，可在医生指导下服用对乙酰氨基酚、布洛芬等药物进行退热处理，同时应警惕高热惊厥的发生。如果是细菌或病毒感染导致的高热，可遵医嘱加用抗炎和抗病毒的药物等。如果为支原体感染，则需使用大环内酯类药物进行治疗。若为特殊疾病导致，则需根据检查结果，积极治疗原发病。