马尔堡病毒与埃博拉病毒均属于丝状病毒，是人类感染较为致命的病原体，起病迅速并且容易进展为感染性休克。有证据显示两者可能潜伏在小型动物体内，而后传播至人类。尽管临床表现上较为相似，并且均无特异性治疗方法，但两者在病原体、发现时间、潜伏期、免疫抗原性、疫苗等方面存在些许差异：
1、病原体：尽管马尔堡病毒与埃博拉病毒均属于丝状病毒，但两者是完全不同的两种病毒；
2、发现时间：马尔堡病毒是1967年，而埃博拉病毒是2014年3月；
3、潜伏期：病毒感染人体以后引起临床症状的潜伏期不同，马尔堡病毒感染后的潜伏期通常为3-9天，而埃博拉病毒的潜伏期通常为2-21天；
4、免疫抗原性：马尔堡病毒和埃博拉病毒的免疫抗原性不同，即两种病毒对于人体的免疫应答不同。机体对埃博拉病毒的应答较为强烈，而对马尔堡病毒的应答则相对较弱；
5、疫苗：马尔堡病毒没有疫苗， 埃博拉病毒已有研制，在进一步验证中。
需要注意的是，马尔堡病毒与埃博拉病毒在临床表现、治疗手段以及传播方式上较为相近。初期症状仅为发热、肌肉痛、关节痛、全身不适，并不存在特异性。通常与疟疾、SARS、流感或者黄热病等相似，晚期症状可以出现体内出血的情况，如呕血、流鼻等症状，还可以影响到肺部、胃肠道以及中枢神经，累及多器官，严重者可出现休克。