冲牙器的好处是利用高速脉冲水柱，可以有效清理牙齿的表面、牙缝、牙龈间隙和牙沟。因为牙齿表面并不平整，使用牙刷刷牙只能清洁到牙齿的表面，牙齿相邻的缝隙、牙齿和牙龈的间隙、牙沟里面很难使用牙刷清理干净，容易发生龋齿。使用冲牙器比牙刷能更彻底地清除口腔中残留的菌斑和食物残渣，保持口腔清洁卫生，有效去除口腔异味。另外冲牙器产生的水流能一定程度上按摩牙龈，促进牙龈血液循环。

冲牙器的不足在于，有学者认为冲牙器使用过程中会带走大量口水，其高速的水流，还会破坏口腔黏膜及口腔内菌群的平衡，影响口腔健康。但只要使用适度，也不会造成太严重后果，因为正常的饮食、刷牙，也会带走大量口水。但冲牙器若是使用方法不当，如冲刷喉咙深处引起创伤，或是用了质量差的冲牙器，会造成牙龈的萎缩。

综上所述，使用冲牙器能一定程度提高口腔卫生，减少牙菌斑的产生，去除口腔异味。但是冲牙器是不能代替牙刷的作用的，正确的使用方法是早晚使用牙刷刷牙，餐后配合冲牙器清理。