阿米巴原虫感染按照感染的部位和临床表现，可以分为肠阿米巴病和肠外阿米巴病。肠阿米巴病典型的症状是出现低热、腹泻、黏液血便、大便呈果酱样，每天3-10多次，有腥臭，可以伴有腹胀或者中度腹痛。如果上述症状迁延时间较长超过两个月，可以转变为慢性阿米巴痢疾，可以出现食欲减退、周身乏力、贫血等症状。

如果阿米巴滋养体经过肠道，再经血液或者淋巴管蔓延至肠外的远处器官，形成相应的各脏器脓肿或者溃疡，最常见的是引起阿米巴肝脓肿，也可以引起阿米巴肺脓肿、脑脓肿等。阿米巴肝脓肿主要的表现是腹泻、恶心、呕吐，肝区疼痛是最典型的临床表现，时间长也会引起体重下降，出现高热。