艾滋病最常见的机会性感染是肺孢子菌肺炎。患者一般会出现慢性的咳嗽、胸闷、有些会伴有发热等症状。其肺部病灶会进行性的进展，在影像学检查提示间质性肺炎的改变，很多患者会合并有呼吸衰竭。

对于肺孢子菌肺炎，一旦诊断明确，需要及早的用药，一般首选的药物是smz。若患者病情比较重，需要联合棘白菌素类的药物进行抗菌治疗。患者若有呼吸衰竭，需要给予氧气，必要时需要呼吸机辅助治疗。经过这样的处理，大部分肺孢子菌肺炎都可以治愈，一部分患者会因为呼吸衰竭而死亡。