抗生素不能杀死真菌，抗生素杀菌的机理主要通过抑制体内细菌、细胞壁的合成而起到抑菌的作用。常用的有β-内酰胺类、大环内酯类、林可霉素类、多肽类以及喹诺酮类的抗生素等。

真菌广泛存在周围，当机体免疫力较低或者长期应用大量的抗生素，引起菌群失调的时候可致疾病。真菌感染分为浅部真菌感染和深部真菌感染，使用抗真菌药物，临床上常用的有氟康唑、两性霉素B等，因此抗生素不能杀死真菌，杀死真菌的必须是抗真菌药物。