避孕膜相对于避孕套，其安全性相对较差。因为避孕膜是一种水溶性的成膜材料制成，需要在同房前五到十分钟就将其揉成团塞入阴道内。待其充分溶解后才能降低精子的活性及杀死精子，以达到避孕的目的。如果放入后过早同房，会因药膜分解不完全而导致避孕失败。如果放入三十分钟后仍没有同房，需要重新再放入一张，否则也会导致避孕失败。

由于避孕膜需要在阴道分泌物的作用下才能溶解，所以对于阴道分泌物较少的女性不适宜使用避孕膜避孕。因为容易影响到药膜的溶解，而导致避孕失败。此外，避孕膜有很多种型号。如果没有在医生的指导下选用合适的型号，就会因药膜大小不合适导致精子通过而避孕失败。