自身HPV病毒呈阳性时，可以用以下几种药物进行治疗：

1、可以使用干扰素胶囊来进行治疗，干扰素胶囊大多是塞入患者的阴道内来进行治疗，同时干扰素还能起到抗病毒的作用，还能够提高患者的免疫力。

2、可以服用保妇康栓，这类能够起到抗炎和抗病毒类的药物来进行治疗，这类药物可以治疗HPV病毒感染患者，也能够修复患者的阴道，使患者阴道内的环境恢复正常。

3、患者能够通过服用瑞贝生，提高患者身体的免疫力，这种药物适用于感染HPV病毒以后，身体抵抗力较差的患者。

因此，提高患者自身的免疫力是治疗HPV病毒感染效果的最好方法。