怀孕两个月出现褐色分泌物有以下原因：

第一种情况，患有宫颈炎、阴道炎，导致黏膜损伤、小血管破裂而引起的。第二种情况，当女性出现有先兆流产胚胎停育的情况时，也会出现褐色的分泌物。怀孕两个月出现褐色分泌物，需要尽早去医院做妇科查体和妇科B超、HCG的检查。

如果由于第一种情况引起的，就要给予消炎药物，进行治疗阴道炎症和宫颈炎症，避免宫腔感染的情况发生。如果是第二种情况引起的，需要给予适当的卧床休息，并且给予黄体酮类药物进行保胎治疗。经保胎治疗后胚胎能够继续生长发育，可以继续妊娠；但经保胎治疗后发生了胚胎停育、难免流产的情况，则需要及时的终止妊娠。