肉眼血尿与镜下血尿的区别就是出血量多少的区别，如果出血量比较多，尿液中的红细胞数目比较多，可以表现为尿液颜色发红。眼睛观察即可发现尿液异常，比如色发红伴有洗肉水样颜色或者出现颜色淡红、粉红等，均可称之为肉眼血尿，但是镜下血尿指出血比较轻微，尿液中存在红细胞数目超标的情况，但是并不会出现使用肉眼观察时，尿液颜色发生异常的变化。

外观检查与正常尿液并没有差别，但是通过显微镜检查，每高倍视野下红细胞数目大于3个，此时称之为镜下血尿，均属于泌尿系统出血的改变，但是病因不明。肉眼血尿往往由于出血比较多，所以造成肉眼发现的血尿，而镜下血尿往往出血比较少而导致，只能用显微镜观察到血尿，不能用肉眼观察到血尿。