生殖器疼痛则可能的原因如下：

第一、局部外伤或者有过医源性的操作，导尿或者膀胱镜等检查，都可以出现短期的疼痛。

第二、如果存在有尿路感染，可以出现尿道内疼痛，放射至阴茎而产生生殖器疼痛。同时多伴有排尿的异常，如尿频、尿急、排尿疼痛、肉眼血尿等。需要进行尿常规化验检查，明确是否存在有泌尿道的感染。

第三、阴茎海绵体的感染，如阴茎海绵体的炎症、脓肿等，可以造成局部的疼痛，伴有局部肿胀、皮肤红肿或者破溃流脓等改变。严重愈合以后还可以形成局部瘢痕的结节，造成勃起时疼痛或者持续性疼痛等。

第四、如果存在有尿道的结石，也可以产生尿道内持续疼痛，伴有阴茎的放射疼痛，同时伴有排尿的异常或者尿道口出血等，需要进行尿道镜检查来明确。