眼睛周围扁平疣的治疗有以下几种措施：

1、外用药物进行治疗，常用的药物有重组人干扰素α-2b凝胶、氟尿嘧啶软膏、咪喹莫特乳膏等。外用药物治疗扁平疣起效比较慢，治疗时间比较长，需要长期使用。

2、物理的方法，在眼周的扁平疣因为痛觉比较敏感，所以一般采取液氮冷冻的方法治疗，需要治疗数次才能彻底治愈。

在药物治疗或液氮冷冻治疗的同时也可以口服药物，常用的药物有转移因子胶囊、胸腺肽等提高免疫力的药物，也可以口服中药进行治疗。