治疗扁平疣的中药有柴胡、元胡、郁金、磁石、龙骨、牡蛎、当归、生地、丹皮、苦参、黄柏、川芎、金银花、大青叶、鱼腥草等药物。中医认为扁平疣大多与肝郁气滞有关系，所以在治疗时候使用疏肝理气药物多一些，但也认为与内有湿热有关系，所以会配合清热、解毒、利湿的中药同时治疗。

西医认为本病与病毒感染有关系，所以在治疗的时候应该注意调节情志和好好休息，提升自身免疫力效果会更好。