导致指甲长了两层的原因有很多，需要针对不同的病因采取不同的治疗方案。

1、如果是缺乏维生素及微量元素引起，建议及时补充维生素和微量元素；

2、如果是真菌感染引起，建议先用温水泡脚，脚趾甲变软以后，尽可能多的将指甲去除，然后局部使用硝酸咪康唑乳膏或盐酸特比萘芬乳膏进行局部的涂抹，能够有效治疗指甲分离的现象；

3、如果是指甲部位受到挤压引起，不需要进行特殊的治疗，等指甲长出以后直接剪掉就可以；

4、长期营养不良导致的甲营养不良，建议平时注意营养物质的补充，尤其是蛋白质及微量元素的补充，平时建议多吃牛奶、鸡蛋、肉类、海鲜类、蔬菜等。