整肠生的副作用一般是比较轻微的，最常见的就是有可能会导致便秘，但是减量或者停药后可以好转。

整肠生主要是进入肠道后促使机体产生抗菌活性物质，可以杀灭致病菌，主要成分是地衣芽孢杆菌，地衣芽孢杆菌对葡萄球菌，还有像酵母样菌等肠道常见的致病菌，有很好的拮抗作用。

另外就是它可以夺取肠道的氧份，有利于肠道厌氧菌的生长，特别是双歧杆菌、乳酸杆菌有很好的促生长作用，可以调节肠道菌群失调，可以缓解因为肠道菌群所引起的腹泻症状。