怀孕40天进行B超检查时没有发现胚芽，可以分为以下几种情况：

第一种，患者的月经不规律，经常性往后推迟，少则几天，多则10天以上。随着月经周期的延长，排卵也会靠后，怀孕40天的时候受精卵还没有着床，那么B超检查是发现不了孕囊和胚芽的，这时候建议患者再多等几天进行B超复查。

第二种，患者的月经规律，不提前也不靠后，但是在怀孕40天时候进行B超检查没有发现胚芽，就要提高警惕，在双侧的附件区重点观察，看是否有胚囊和胚芽，排除宫外孕。

第三种，患者的孕囊发育不良，如果光发现孕囊，里边没有发现胚芽，可以进行连续的观察。

如果观察到50天的时候还没有发现胚芽，这时候建议患者抽血化验，帮助医生进行诊断。