子宫内膜异位症CA125是会增高的，常见的卵巢巧克力囊肿和子宫腺肌症的患者，在查肿瘤标记物时就会发现CA125明显增高，尤其是卵巢巧克力囊肿CA125大多数会超过100U/mL，而且子宫内膜异位症越严重，CA125略高，但是CA125增高对子宫内膜异位症没有特异性。很多原因都会造成CA125增高，比如盆腔炎肝脏疾病都会造成CA125增高。

所以要根据临床症状以及辅助检查进行鉴别。临床上多用CA125水平监测子宫内膜异位症，病变活动的情况以及监测疗效和复发，对诊疗更有临床价值，治疗有效时CA125会降低，病情复发时就会增高。