窦性心律不齐的治疗需要针对病因学治疗，另外，可以使用抗心律失常药物。对于窦性心律不齐，抗心律失常药物可以选择ⅠB类药物普罗帕酮，可以选用III类药物胺碘酮。但总体上来说，III类药物胺碘酮的效果优于ⅠB类药物普罗帕酮，用胺碘酮可以有效的提高患者的治愈率，改善患者的病情，减少他们的痛苦，也可以较低不良反应发生的概率，可以考虑在临床中推广应用。

窦性心律不齐在病理状态下具有发病急的特点，危害大，表现为心慌、心悸、晕厥等症状。窦性心律不齐还有可能会出现继发性心肌缺血，甚至心肌梗死，造成不良预后的发生。窦性心律不齐患者的心肌耗氧量增加，造成心室的充盈下降，最终导致心脏衰竭功能减退等情况的发生。