内毒素与外毒素都属于细菌毒素，通常来讲释放到菌体外的称为菌体外毒素，而存在于在菌体内、在菌体破坏后而释放出的，称为菌体内毒素。二者的区别主要有来源、化学成分、稳定性、毒性作用以及免疫原性等方面。

1、来源：内毒素主要来源于革兰氏阴性菌，而外毒素往往来源于革兰氏阳性菌，但部分革兰氏阴性菌如破伤风杆菌、白喉棒状杆菌等也可产生外毒素；

2、化学成分：内毒素的主要成分为磷脂-多糖-蛋白质复合物，而外毒素的主要成分为蛋白质；

3、稳定性：内毒素的性质较稳定，耐热性较高，在60℃的环境中可耐受数小时。而外毒素的稳定性较差，处于60℃时可被迅速破坏；

4、毒性作用：相比之下内毒素的毒性作用稍弱，且各种细菌内毒素的毒性作用大致相同。常引起机体发热、弥散性血管内凝血、粒细胞减少症以及施瓦兹曼现象等；外毒素的毒性作用较强，且各种外毒素具有选择性，能引起宿主特殊病变且不易引起发热。能抑制蛋白质合成，且具有细胞毒性、神经毒性等；

5、免疫原性：内毒素只能刺激机体对多糖成分产生抗体，不能形成抗毒素，所以不能被处理为类毒素；而外毒素较强，可刺激机体产生高效价的抗毒素，可用于人工自动免疫。