睡觉醒来胳膊、肩膀酸疼可能有以下几种原因：

第一、受风着凉，如果在睡觉时不慎被风吹到或者是有着凉的诱发原因，可以出现醒来之后胳膊、肩膀酸疼的症状；

第二、肌筋膜炎，肌筋膜炎的患者可以以肩胛骨内侧疼痛为首发症状，可以放射到同侧的肩部以及上肢，出现酸麻、无力的症状，这时要早期进行相关的查体以及检查，排除其他的疾病来进行早期的诊断和治疗；

第三、颈椎病，当颈椎病压迫了神经根时，也可以出现一侧胳膊、肩膀酸疼、麻木的症状，特别是在晚上睡觉时姿势不正确就可以导致神经根受压加重，而出现醒来时胳膊、肩膀酸疼的症状，这时要早期进行颈椎的X线片、CT、核磁的检查，来进行早期的诊断和治疗。