腹腔镜下的巧克力囊肿微创手术，采用全麻的方式进行麻醉，在腹部脐周处包括髂前上棘的1/3、髂前上棘的2/3进行打孔，进行打孔后，显微的器械大概在3-4mm左右用分离钳进入盆腔。找到卵巢囊肿的位置，进行剥除囊肿，在剥除后，囊肿创面会存在有少量的出血，可以用双极电凝钳进行止血，也可以通过缝合的手段进行缝合止血，就可以恢复到正常的卵巢组织。

进行剥除手术后，需要用标本袋帮助把卵巢囊肿从腹部取出，再进行病理化验，根据化验的结果，可以进行术后的指导用药。