怀孕40天宫内宫外做B超的时候都没有孕囊，是不正常的。如果平常月经非常规律，在停经的35天做阴道彩超的时候就应该看到孕囊。如果是做腹部彩超，在停经的第40天也是应该看到孕囊的。

如果在这个时候看不到孕囊，就有可能是宫外孕，必须做进一步的检查，可以动态的观察血中的绒毛膜促性腺激素。如果是宫内怀孕在48小时内就会翻倍的，如果是48小时以内没有翻倍或者同时出现盆腔积液，下腹部的疼痛或者出现不规则阴道流血，宫外孕的可能是非常大的，必须进一步检查。