卵巢囊肿手术分为开腹手术和腹腔镜下手术两种方式。开腹手术的过程是，充分做好术前准备后，在手术室内，由麻醉师进行麻醉，麻醉效果出现后行手术治疗。剖开卵巢皮质后，轻轻地拨除卵巢囊肿，用3-0的可吸收肠线逐层缝合、闭合瘤腔，术中未见明显出血后行卵巢皮质内翻缝合卵巢成形术，手术中尽量多保留卵巢的皮质。

如果巧克力囊肿术中黏连致密，可以行卵巢楔形切除术后，再行卵巢成形术，这样既能保留卵巢的功能，又能维持女性的特征，还能再生育的功能。腹腔镜下手术的过程和开腹手术过程是一样的，只是创伤微小。