做过卵巢囊肿手术不会影响怀孕，如果生育年龄的女性卵巢局部有囊肿需要手术，绝大部分往往是单纯的将囊肿剔除，保留卵巢组织，卵巢组织在术后恢复正常的功能，可以有正常的卵泡生长发育，所以不会影响怀孕，这类病人在术后一定要定期复查。

如果是卵巢巧克力囊肿，有可能会影响怀孕，因为卵巢巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，在手术之后也有可能会复发，这类病人最好是在术后可以用注射用醋酸曲普瑞林治疗半年的时间，预防复发，也建议在术后尽快考虑怀孕，不然一旦复发就会造成不孕不育。