坐久了屁股两侧骨头疼，可以由以下几种原因引起：

1、坐骨结节滑囊炎，坐骨结节滑囊炎可以有久坐之后屁股两侧坐骨结节处的疼痛，这时要早期查体，早期检查坐骨结节的彩超以及CT、核磁共振来诊断；

2、梨状肌综合征，梨状肌综合征可以为单侧，也可以为双侧。常可以有久坐之后坐骨结节梨状肌周围的疼痛，可以伴有下肢坐骨神经痛的症状，这时要查体和检查下肢神经电图来诊断和早期治疗；

3、坐骨的肿瘤，当坐骨有肿瘤、转移瘤时，也可以有坐久了之后屁股两侧骨头疼的症状。这时要检查坐骨的CT、核磁共振以及ECT来诊断和治疗。