消化不良的治疗药物包括以下几大类：

第一、抑酸药物，比如雷尼替丁、奥美拉唑等等。

第二、抗酸药物，比如氢氧化铝与铝碳酸镁等等。

第三、促动力药物，比如莫沙必利、伊托必利等等。

第四、胃黏膜保护剂，比如硫糖铝等。

其它还可以应用消化酶类和微生态制剂等等。如果患者有幽门螺旋杆菌感染，可以向医生咨询是否需要根除幽门螺旋杆菌，当然具体的药物疗程和剂量，应该听从医生的建议。