在临床上碳酸钙的主要用途是两个：一个用于补钙，治疗骨质疏松；另一个是用于肾功能不全或者因为慢性肾脏病导致的高磷血症患者，可以用碳酸钙中的钙和食物中的磷酸结合，阻断磷酸的吸收，从而起到降低血磷的作用。当碳酸钙作为治疗骨质疏松的钙剂使用的时候，碳酸钙一般适合饭后服用。

因为空腹服用碳酸钙会和胃中的盐酸发生反应，产生二氧化碳，引起胃胀和胃痛，所以碳酸钙作为补钙制剂，要餐后服用。当碳酸钙作为和食物中的磷酸盐结合，抑制磷酸的吸收，治疗高磷血症的时候，碳酸钙适合在餐中嚼服，充分的跟食物中的磷酸盐结合，从而降低血磷，这是碳酸钙的两个主要用途。