颅内血肿清除术后或多或少会遗留后遗症，常见头痛、头晕、恶心等症状。硬膜外血肿患者，后遗症相对较轻，因为发生在硬膜外，出血量相对比较少，而硬膜下和脑内血肿的后遗症相对较重。

另外，后遗症大小决定于出血部位、出血量、患者自身条件。偏瘫、失语、癫痫发作、精神障碍、脑积水，都是局灶性神经功能损伤遗留的后遗症，严重者六个月以上昏迷不醒，即植物人状态。