引起脑干出血的主要原因如下：

第一、高血压，长期的高血压会导致颅内的小动脉出现硬化，血管出现玻璃样变，使得血管脆性增加，在血压升高、情绪激动时，容易导致脑干内的小动脉出血，从而导致脑干出血。

第二、海绵状血管瘤、动静脉畸形等。脑干内出血最常见的血管畸形为海绵状血管瘤，由于血管瘤内的小血管壁较薄，血压升高时血管容易出血，引起脑干内出血。

第三、脑干内肿瘤坏死伴出血，脑干内的肿瘤一般为恶性肿瘤，为胶质瘤，肿瘤生长速度较快，容易并发肿瘤中心点的坏死、缺血出现肿瘤卒中，从而引起脑干出血。