真菌性鼻窦炎的手术后遗症包括以下几点：

1、鼻腔局部的后遗症，常见的有术后鼻子干燥、鼻子烧灼感、反复流鼻涕、嗅觉下降等相关的表现，有的患者还有出血的风险，如果术中有筛前动脉损伤、蝶腭动脉损伤可能有术后出血的风险，有的患者在开蝶窦的过程中有颈内动脉的损伤，会出现致命性大出血，有的患者还可以出现鼻腔粘连、空鼻综合征等相关改变，还有萎缩性鼻炎等相关症状，还有术后复发的可能。

2、颅内的并发症，患者可以出现脑脊液鼻漏、颅内血肿、颅内脑膜炎、海绵窦血栓性静脉炎等相关的疾病。

3、眶的并发症，如果术中损伤眶内壁或者眼外肌可导致患者出现眼球活动受限，损伤视神经可以导致患者出现失明、复视等相关的情况。

总体来说鼻窦炎尤其真菌性鼻窦炎，术后的后遗症还是比较少的，但上述的并发症在理论上有发生的可能。