新生儿肛周脓肿较严重，其病因包括：

1、肛周脓肿临床上常见的是发生在男性婴儿，跟宝宝体内的激素水平有关系，但是，还没有确切证据；

2、新生儿皮肤较嫩，如果肛周使用尿不湿比较硬，跟臀部的皮肤摩擦比较多时，产生皮损，皮肤的屏障功能下降，皮肤或者是大便细菌，就可以通过皮损进入到软组织，从而进入肛窦，很容易形成肛周脓肿；

3、新生儿大便比较稀烂，因为肛周会有很多腺体，如毛囊还有分泌滑液的腺体。如果是稀烂大便堵塞、淤积在腺体内，会形成感染，感染过后，就会继续加重，就会形成脓肿。如果是这种情况下形成的脓肿，还会有瘘管形成。即在脓肿的旁边会有脓液流出，流到皮肤或者是肛门附近；

4、小儿肛周脓肿，也可能与直肠跟肛管的生理垂直状态相关。粪便直接压迫肛管的齿状线的肛窦，很容易引起肛窦损伤，损伤以后继发感染，就会形成肛周脓肿。