支原体感染治疗还是相对比较容易。早期使用适当的抗菌药物，可以减轻症状以及缩短病程。支原体的感染有自限性，多数的病例不经治疗可以自己好转。

大环内酯类的抗菌药物是治疗的首选药物，比如红霉素、罗红霉素和阿奇霉素；喹诺酮酮类药物比如左氧氟沙星、加替沙星和莫西沙星等；四环素类药物也可以用于肺炎支原体的治疗，一般疗程是2-3周。因为肺炎支原体没有细胞壁，所以青霉素或者头孢菌素类的抗菌药物是没有效果的。对于剧烈的呛咳者，应该给予适当的镇咳药。若继发其他的细菌感染，可以根据痰的病原学检查，选用针对性的抗菌药物治疗。