怀孕三个月肚子疼似痛经，有可能是先兆流产所引起，需要患者尽快的到医院就诊，检查产科彩超、产科查体等，进一步明确诊断。如果是先兆流产，需要患者卧床减少下床活动，注意休息避免剧烈运动，注意保温，保持外阴局部的清洁卫生，需要保胎对症处理。

另外，也有可能由于患者不注意饮食卫生，引起了消化系统的疾病，需要到消化科进一步就诊，明确下一步处理，还有可能是由于泌尿系统疾病所引起，需要到泌尿科进一步会诊明确诊断。