胆囊结石最常见的手术处理方式是腹腔镜下胆囊切除术，目前是胆囊结石手术的金标准，已经得到广泛的认可。对于某些胆囊结石的患者可以行腹腔镜下保留胆囊的结石取石术，手术指症应当严格掌握。术后需要口服熊去氧胆酸，整体复发率较高，原则上不建议。急性结石性胆囊炎的患者如果腹腔镜处理困难，需要中转开腹，以免损伤胆总管引起严重的后果。

胆囊切除困难的患者可以行胆囊部分切除以及胆囊造瘘术，手术方式更加安全。胆囊造瘘术的患者在炎症消退后3个月再考虑手术治疗。胆总管结石的患者应当考虑腹腔镜下胆总管切开取石、T管引流以及ERCP的处理方式。

肝内胆管结石，直径较小，没有症状，可以观察。必要时可以行经皮肝穿刺胆道进行取石，或者肝叶切除术。