超声内镜和胃镜不同，胃镜仅仅能发现黏膜层的病变，而对于黏膜下的病灶，如果病灶的表面非常光滑，这个时候胃镜没办法明确，也没办法进行病理活检去明确病灶的性质。这时候就需要超声内镜，来进一步评估隆起性病变病灶的起源、层次及其回声的改变，判断病灶的性质，是间质瘤、平滑肌瘤，还是脂肪瘤等。

超声内镜有助于指导进一步的治疗，超声内镜不仅仅只是做诊断，还能做治疗。在所谓的扇扫超声内镜下，能够在超声探头的指引下做穿刺、引流、切开、置入支架等介入性治疗。