手心长扁平疣在治疗方面需要抗病毒的治疗，可以外涂重组人干扰素α2b软膏，或者涂抹咪喹莫特乳膏进行治疗。

在口服药的选择上可以口服香菇菌多糖片，或者胸腺肽肠溶胶囊来提高机体的免疫能力。并且可以配合中药的口服。主要的方剂包括蜂房、马齿苋、板蓝根、大青叶、红花、赤芍、木贼、香附煎水200ml，2次/日口服。同时，可以把剩余的药液用来擦拭患处，轻轻地擦拭，直到擦拭患处出现微红为最佳的状态。可以起到清热解毒的疗效，能够很好的杀灭病毒。