下眼皮长扁平疣，建议使用外用药进行治疗，可以使用维甲酸类的软膏，每天1-2次，在夜间进行点涂。同时，也可以口服转移因子胶囊、胸腺肽肠溶胶囊等来提高免疫力。另外，也可以使用激光、液氮冷冻的方式去除肉眼可见的疣体，有条件的可以使用光动力来进行治疗。

在生活上要注意毛巾、脸盆经常暴晒消毒，不和他人共用卫生用品，不熬夜，不食辛辣、刺激性食物。下眼皮长扁平疣不要进行搔抓，避免造成人为的扁平疣扩散。