去除扁平疣的方法有以下几种：

1、局部注射转移因子：扁平疣是一种病毒感染，可以注射转移因子等来提高人体免役功能。这是间接性治疗，不能直接去除扁平疣。但是可以提高机体免疫力，从而起到间接去除扁平疣的作用。

2、激光治疗：利用激光光热效应，破坏疣状增生物。再外用干扰素凝胶修复皮肤进一步抗病毒防止感染，激光可以直接将疣体去除。但是激光术后需要外用防晒霜，注意防晒，防止留下色素沉着。

3、注意饮食：休息，忌烟、忌酒，不能吃辛辣、油腻、刺激的食物，多吃蔬菜和水果补充维生素，尤其是VitB6等，提高免疫力，个人免疫力高以后部分的扁平疣可以自己消退。