临床上治疗扁平疣的药膏种类比较多，可以选用2.5%或5%的5-氟尿嘧啶软膏、3%酞丁安乳膏点涂患处，或选用0.1%维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏进行治疗。除了选择药膏，还可以做局部液氮冷冻、电烧以及激光治疗。

扁平疣主要通过直接接触传染，因此要注意避免与患疣病人肢体接触，患者应该避免挠抓，以免引起肢体的接种。饮食上要多吃蔬菜或植物蛋白，对扁平疣有好处。