房间隔缺损的大小可以决定血液的分流量，而血液分流量的多少也可以影响病情发展。如持续性的肺动脉血流量增加，可以导致肺淤血，进而造成血管的顺应性下降以及右心的容量负荷增加，时间一久可发展为器质性的肺动脉高压。

而房间隔缺损的临床表现一般在儿童时期不明显，但是随着病人的年龄增长会出现特征性的劳力性呼吸困难的表现，还可伴有房颤、房扑以及室性心律失常等症状。另外，有些病人还可出现右心衰竭的表现，如下肢浮肿、肝脾大等。房缺最典型的体征就是肺动脉瓣区可以听到明显的心脏杂音，即第二心音亢进，呈固定性分裂。